部隊の性質によっても年収水準には明らかな隔たりが生じる。陸上自衛隊の場合、駐屯地勤務を中心とする隊員が多い一方、危険を伴う空挺降下訓練や災害派遣、離島警備などに従事する部隊には特殊勤務手当が支給される。対して、海上自衛隊や航空自衛隊は各種手当の加算率が高い傾向にある。
特に海上自衛隊の艦艇勤務者は、一度出港すると長期間にわたり出動手当や航海手当が日額単位で蓄積される。潜水艦乗組員ともなれば基本給の数十パーセントに及ぶ手当が上乗せされるため、同じ年齢や階級であっても陸上自衛隊のデスクワーク中心の隊員と比べて年収が100万〜200万円以上上回ることが日常的に発生している。
