保善の名を全国に轟かせてきた最大の要素といえば、やはり圧倒的な部活動の実績だ。かつてオリンピックの男子体操個人総合で金メダルを獲得した具志堅幸司をはじめ、日本のアスリート界を牽引する人材を数多く輩出してきた。勝ちへの執念とフェアプレーの精神を学ぶ土壌が、ここには整っている。
現在も全国高等学校総合体育大会（インターハイ）や全国高等学校ラグビーフットボール大会（花園）などの大舞台に向けて、各部が激しい切磋琢磨を続けている。特に陸上競技部やラグビー部は都内屈指の実力を誇り、熱気あふれる練習風景は学校全体のモチベーションを高める原動力となっている。部活動で培われた忍耐力や集中力は、そのまま後半の受験勉強における強烈なスパート力へと昇華されている。
