近年、文化庁が主導する最新の文化財保護・調査プロジェクトにより、境内および本堂の非破壊レーザースキャンや古文書の科学的解析が進められた。その結果、屋根裏の隠し構造や、床下にひっそりと配置されていた特異な石組みなど、従来の建築図面には記されていない構造が次々と判明した。
文化庁の専門家チームによる報告書によれば、これらの構造は単なる防犯や耐震のための工夫ではなく、特定の時期に秘密裏に行事や物品の保管を行うために設計された可能性が極めて高いという。科学の光が歴史の暗部に当てられたことで、伝承の域を出なかった説が客観的な証拠によって裏付けられ、文化財としての価値は飛躍的に高まっている。
