事故が発生したのは、学生や教職員が行き交う平日午後の研究棟でした。名古屋大学の東山キャンパスのニュースとして一報が駆け巡った瞬間、現場周辺には異臭とともに白煙が立ち込め、自動火災報知設備がけたたましく作動しました。
実験室内部では、有機化学系の実験プロセスの最中に突如としてフラスコなどの反応容器が破裂し、衝撃波によってドラフトチャンバー（局所排気装置）のガラス扉や周辺器具が広範囲に飛散しました。名古屋大学の事故におけるけが人と被害状況としては、実験を担当していた大学院生や周辺にいた研究員が、飛散したガラス片による切創や薬品飛沫による軽度の化学熱傷、爆風による耳の痛みを訴え、直ちに救急搬送される事態となりました。幸いにも命に別条はありませんでしたが、一歩間違えれば重大な人命危機に直結する危険な状況でした。
覚知直後、名古屋市消防局から化学救助隊を含む消防車両が多数出動し、現場周辺の消防活動と避難誘導が迅速に展開されました。二次災害を防ぐため、当該研究棟の全フロアに緊急避難命令が下され、薬品の特定と中和・換気作業が完了するまで現場一帯が立ち入り禁止となりました。直後に開かれた名古屋大学の事故に関する公式発表では、負傷者への謝罪とともに、事故調査委員会を設置して徹底的な原因究明を行う方針が示されました。
