ネット上の掲示板やSNSで頻出するもう一つの深刻な体験談が、「頻繁におならが出る」「猛烈な腹痛に襲われ下痢になった」という消化器系のトラブルです。クリーム玄米ブランによる下痢とおならの多発には、配合されている繊維質と腸内発酵のメカニズムがダイレクトに影響しています。
クリーム玄米ブランには、玄米や小麦ブランに由来する不溶性食物繊維が豊富に含まれています。さらに、製品によっては水溶性食物繊維（難消化性デキストリンやイヌリン等）が配合され、1箱で成人女性が1日に必要な食物繊維の3分の1近くを摂取可能とアピールされています。しかし、短時間で一気に摂取すると食物繊維の過剰摂取という裏目に出ます。
第一に、不溶性食物繊維である小麦ふすまは、水分を吸収して腸内で大きく膨らみ、蠕動（ぜんどう）運動を活発にします。しかし、水分摂取が追いつかない状態でこれらが腸内に留まると、便の水分を奪って便秘を悪化させたり、逆に腸管を刺激しすぎて腹痛や下痢を誘発します。
第二に、食物繊維が腸内細菌によって急速に発酵・分解される過程で、二酸化炭素や水素、メタンガスが大量に産生されます。これが止まらないガスの発生（おなら）と膨満感の直接原因です。特に過敏性腸症候群（IBS）の素因がある人や、普段あまり全粒穀物を口にしない人が空腹時に急激に摂取すると、腸内フローラへの急激な負荷から重い腹部膨満や軟便を招く結果となります。
