物語の舞台は、徳川第8代将軍・徳川吉宗の治世。享保の改革が進む泰平の世の裏で、幕府転覆を目論む諸藩の不穏な動きや、私利私欲に溺れる悪徳大名たちの陰謀が渦巻いていました。
事態を重く見た江戸南町奉行の大岡忠相は、幕府の治安を守る特務部隊として、凄腕の忍び集団「根来組（ねごろぐみ）」のくノ一たちに極秘任務を下します。その中心となるのが、ずば抜けた身体能力と美貌を併せ持つヒロイン・お蛍（ほたるび）です。
お蛍は、仲間のくノ一であるお美代、お玉とともに「吹水（ふきみず）五人衆」らと連携し、全国各地の藩へと潜入。敵の懐深くに潜り込み、艶やかな色仕掛けや奇想天外な秘術を駆使しながら、幕府を脅かす巨大な悪の企みを次々と暴いていきます。
登場人物の勢力図は明確で、「幕府・正義側（徳川吉宗・大岡忠相・城戸右近）」対「反幕府・陰謀勢力（柳沢吉保派閥・各地の反逆藩主・刺客忍者）」の対立構造を軸に、お蛍たち根来くノ一トリオが潜入捜査官として暗躍するスリリングな構図が描かれます。
