本作を語る上で避けて通れないのが、『機動戦士ガンダム サンダーボルト』は宇宙世紀の正史なのか、パラレルワールドなのかという長年の議論です。
作中には、一年戦争当時（U.C.0079）の公式年表設定を遥かに超越したオーバーテクノロジー（巨大兵器ブラウ・ブロの独自運用や、高性能化されたモビルスーツ群）が多数登場します。この点について、作者の太田垣氏は過去の対談や手記において、「アニメの正史設定に過度に縛られず、自分が考える最高にリアルで過酷な一年戦争を描くためのパラレルな世界線」であることを明確に明かしています。サンライズ公式としても、映像作品としての独立性を尊重したオフィシャルスピンオフとして位置づけており、この割り切りこそが本作の圧倒的な自由度と物語の緊張感を生み出しています。
また、多くの読者が関心を寄せる太田垣康男先生の画力と腱鞘炎の現在の状況についても、目を見張る進化が確認されています。腱鞘炎発症直後の初期デジタル作画期には「以前のような緻密なハッチング（陰影線）が減った」「絵柄が変わった」と戸惑う読者の声もありました。しかし太田垣氏は、自ら率いるスタジオの3Dモデリング技術とデジタルペンシルを融合させ、左手描画の精度を極限まで引き上げることに成功しました。
現在誌面に掲載されている原稿は、緻密なメカニックの陰影描写と人物の鬼気迫る表情が見事に融合しており、「線の太さと陰影のコントラストが劇画のような凄みを増した」「以前よりアクションの躍動感が上がっている」と、SNSや読者アンケートでも再び絶賛の声が上がっています。肉体の限界を克服した漫画家の執念が、そのまま作中のキャラクターたちの泥臭い生き様と重なり合っています。
