多くのネットユーザーが関心を寄せるのが、「アノニマスポストの運営者は誰なのか」という点です。サイト名にある「アノニマス（Anonymous＝匿名）」が示す通り、サイト上には代表者名や法人名、所在地といった具体的な運営者情報は明記されていません。
ネット上では「特定の政治団体がバックにいるのではないか」「プロのウェブマーケティング集団による収益目的の運営ではないか」など、様々な憶測が飛び交ってきました。過去のドメイン登録情報（Whois情報）やアフィリエイト広告のID解析を試みる有志の検証も行われましたが、プライバシー保護サービスなどで巧妙に隠蔽されており、公式に特定・発表された事実はありません。
記事の更新頻度やSNSへの常時張り付き体制を見る限り、完全な個人が余暇で更新しているというよりは、複数人のチーム体制または専従のスタッフによって組織的に運用されている可能性が高いと専門家の間では分析されています。PV数（ページビュー）に応じた広告収入を原資とするビジネスモデルが成立している点も、継続的な運用の大きな原動力となっています。
