民間医療法人のみならず、自治体が運営する公立病院の経営悪化も深刻さを増しています。全国の公立病院のうち7割以上が経常赤字に陥っており、自治体からの一般会計繰入金（税金による補填）によって辛うじて存続しているのが実情です。
しかし、過疎化と税収減が進む地方自治体では、病院赤字を税金で穴埋めし続ける体力は残っていません。各自治体では以下のような抜本的な経営改善と再編が進められています。
第一に、急性期医療からの撤退と「回復期・慢性期病床への機能転換」です。高度な手術や救急受け入れを近隣の中核病院へ集約し、自院はリハビリや在宅復帰支援に特化することで固定費を大幅に圧縮する試みです。第二に、指定管理者制度の導入や地方独立行政法人化による民間手法の導入です。自治体の直営から切り離すことで、柔軟な人事配置とコスト削減を図る動きが加速しています。
